BIOINFORMATIKA – NDIKIMI I BIG-DATA NË TRAJTIMIN E SËMUNDJEVE
Arjana Begzati, Studente Doktorature në Universitetin e Kalifornisë San Diego
Në një takim të fundit me Arjana Begzatin, ajo diskutoi me ne rreth Bioinformatikës dhe të Big Data, duke na njohur më shumë me profesionin dhe hulumtimet e saj. Arjana na tregoi si shkenca e bioinformatikës po ndihmon në transformimin e mënyrës se si kuptojmë dhe trajtojmë sëmundjet përmes analizës së të dhënave të mëdha biologjike.
Në epokën e informacionit digjital, bioinformatika qëndron si një shpresë për revolucionarizimin e diagnostikimit dhe parashikimit të sëmundjeve përmes përdorimit të të dhënave të mëdha. Ndërsa zhytemi në botën e ndërlikuar të biologjisë molekulare dhe qelizore, integrimi i shkencës kompjuterike del si një mjet kyç, duke na mundësuar të interpretojmë sasi të mëdha të dhënash të mbledhura nga eksperimente të ndryshme biologjike.
Bioinformatika, një fushë ndërdisiplinore, shfrytëzon fuqinë kompjuterike për të trajtuar problemet biologjike. Ajo është veçanërisht thelbësore në analizimin dhe interpretimin e të dhënave biologjike, të cilat janë bërë gjithnjë e më komplekse me përparimet në teknologjitë genomike dhe proteomike. Në thelb, bioinformatika përfshin zhvillimin dhe aplikimin e algoritmeve kompjuterike dhe metodave statistikore për të kuptuar rëndësinë biologjike pas grupeve të të dhënave.
Hulumtimi i Arjanës fokusohet në përdorimin e të dhënave të mëdha të fituara nga mostrat e gjakut dhe materiali gjenetik për të identifikuar tregues për sëmundje të ndryshme. Kjo qasje premton të përmirësojë aftësitë tona në prognostikën e sëmundjeve, duke kaluar përtej metodave tradicionale të bazuar vetëm në simptoma dhe testeve laboratorike jo të specifikuara. Për shembull, ndërsa simptomat si dhimbjet e kokës ose testet e gjakut si nivelet e glukozës ofrojnë specifikë të kufizuar diagnostike, bioinformatika mund të identifikojë tregues të caktuar gjenetikë ose molekularë të lidhur me gjendje si sëmundjet e Alzheimerit, Parkinsonit ose sëmundjet kardiovaskulare.
Në fund, Arjana gjithashtu ndau disa burime të vlefshme për ata që vijnë nga fusha e biologjisë/mjekësisë (pa njohuri në shkencat kompjuterike) që dëshirojnë të mësojnë kodimin për bioinformatik. Ja disa faqe të rekomanduara:
- http://userpages.fu-berlin.de/digga/p4b.pdf
- https://www.coursera.org/learn/python-analysis
- https://www.analyticsvidhya.com/blog/2016/01/complete-tutorial-learn-data-science-python-scratch-2/
- https://www.bioinformaticscrashcourse.com/4_Python.html
- http://userpages.fu-berlin.de/digga/p4b.pdf
- Data Analyst with Python | DataCamp
Këtu janë disa faqe që nevoitet më shumë njohuri në shkencat kompjuterike se sa në biologji:
- https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book
- https://web.archive.org/web/20100613040841id_/http://www.csis.pace.edu/~ctappert/dps/d861-07/team2-Cohen.pdf
- https://web.stanford.edu/class/bios221/book/index.htmlhttps://citeseerx.ist.psu.edu/document?repid=rep1&type=pdf&doi=aed8c5305e85c0cbb8a5447d3526b8fc0e8432f0